学歴

• 2010–2014: 京都大学大学院薬学研究科創薬システムバイオサイエンス専攻博士研究員
• 2010–2010: 京都大学若手生命科学者キャリアパス推進ユニット、分子理論化学・生物物理学研究室、博士研究員
• 2007–2010: 京都大学(日本)、博士号取得コース: バイオケモインフォマティクス
• 1998–2003: University of Evansville (米国)、コンピューターサイエンス学士、数学学士

職歴

• 2020~: 京都大学大学院医学研究科附属がん免疫総合研究センター 非常勤准教授；Boehringer Ingelheim 主席科学者（ドイツ）
• 2016–2020: 京都大学、講師；医学系研究科; 京都大学 大学院医学系研究科 分子生命科学研究室 生命科学情報学研究ユニット、ユニットリーダー
• 2015– 2016: 京都大学大学院医学研究科医学教育センター、講師
• 2014–2016: 財団法人 医薬基盤開発機構 医薬基盤研究所 研究開発部門 創薬研究部門 シミュレーション創薬グループ、共同研究員
• 2014–2015: 京都大学大学院医学研究科臨床システム腫瘍情報学講座、助教
• 2003: National Institute of Health (NIH) (米国)、Diagnostic Radiology、インターンシップ

研究内容

• 創薬のためのアクティブ/適応機械学習
• アクティブラーニングに重点を置いた科学データの視覚化手法
• 臨床および生物医学情報学
• 大規模なソフトウェア アーキテクチャの設計

受賞歴

• 2025: “Most Technological” Special Mention Award, Boehringer-Ingelheim AI Challenge 2025.
• 2021: “Most downloaded paper” award for a publication in Molecular Informatics 2021 (article URL: https://doi.org/10.1002/minf.202100113 )
• 2019: University of Bonn Returning Scholars and Research Alumni Program, Selected Returning Scholar
• 2018: US National Toxicology Program, Predictive Models for Acute Oral Systemic Toxicity prediction challenge, selected presentation (total submissions: 123)
• 2018: “Most downloaded paper” award for publication in Molecular Informatics 2018  (article URL: https://dx.doi.org/10.1002/minf.201700127)
• 2017: “Landmark paper” award for a publication in Future Medicinal Chemistry 2017  (article URL: https://dx.doi.org/10.4155/fmc-2016-0197)
• 2013 & 2017: University of Bonn (Germany), Department of Life Science Informatics, Bonn-Aachen International Center for Information Technology;  Life Science Informatics Retreat 2013, Chemoinformatics Summer School 2017, Invited Guest Lecturer and Researcher

主な論文

Fumihiko Kakizaki, Hiroyuki Miyoshi, Takehito Yamamoto, Tomonori Morimoto, Hiroyuki Matsubara, Shoichi Kitano, Tadayoshi Yamaura, Hisatsugu Maekawa, J B Brown, Tosiya Shun Sato, Kazutaka Obama, Yoshiharu Sakai, Kenji Kawada, Makoto Mark Taketo. Comprehensive Colorectal Cancer Stem Cell Transcriptomic Signatures That Can Predict Patient Prognostic Outcomes. Cancer Science (2025). DOI: 10.1111/cas.70235

Shiro Takamatsu, Junzo Hamanishi, J.B. Brown, Ken Yamaguchi, Koji Yamanoi, Kosuke Murakami, Osamu Gotoh, Seiichi Mori, Masaki Mandai, Noriomi Matsumura. Mutation burden-orthogonal tumor genomic subtypes delineate responses to immune checkpoint therapy (BMJ), Journal for ImmunoTherapy of Cancer (2022). DOI: doi.org/10.1136/jitc-2022-004831

Shiro Takamatsu, J.B. Brown, Ken Yamaguchi, Junzo Hamanishi, Koji Yamanoi, Hisamitsu Takaya, Tomoko Kaneyasu, Seiichi Mori, Masaki Mandai, Noriomi Matsumura. The utility of homologous recombination deficiency biomarkers across cancer types. (Amer Soc Clin Oncol) JCO Precision Oncology, 6:e2200085 (2022). DOI: 10.1200/PO.22.00085 

Yuki Makino, Yuki Kamiyama, J.B. Brown, Takashi Kobayashi. Comprehensive genomics in androgen receptor-dependent castration-resistant prostate cancer identifies an adaptation pathway mediated by opioid receptor kappa 1. (Nature) Communications Biology, 5(1):718 (2022). DOI: 10.1038/s42003-022-03227-w

Ryusuke Murakami, Junzo Hamanishi, J.B. Brown, Kaoru Abiko, Koji Yamanoi, Mana Taki, Yuko Hosoe, Ken Yamaguchi, Tsukasa Baba, Noriomi Matsumura, Ikuo Konishi, Masaki Mandai. Combination of gene set signatures correlates with response to nivolumab in platinum-resistant ovarian cancer. Scientific Reports, 11(1):11427 (2021). DOI: 10.1038/s41598-021-91012-w

A Yokoyama, S Ogawa, J.B. Brown, et al. Age-related remodelling of oesophageal epithelia by mutated common cancer drivers, Nature, 565(7739):312-317 (2019). DOI: 10.1038/s41586-018-0811-x