学歴
- 2014: デンマーク工科大学（デンマーク）博士（バイオインフォマティクス）
- 2010: トレント大学（イタリア）修士（理学）計算機科学 （バイオインフォマティクス）
- 2006: カターニア大学（イタリア）学士（理学）計算機科学
職歴
- 2025~: 京都大学大学院 医学研究科 がん免疫総合研究センター インフォマティクス・プラットフォーム 特定助教
- 2020-2025: 東京大学大学院新領域創成科学研究科 特任助教
- 2016-2020: 東京大学大学院理学系研究科 博士研究員
- 2014-2016: 大阪大学微生物病研究所 日本学術振興会博士研究員
研究内容
過去10年間、人工知能は科学研究にますます深い影響を与え続けており、その背景には今後も継続すると予想されるデータの急増があります。CCII自体も、オミクスデータ（シーケンシング、質量分析、イメージングなど）からウェットラボ実験の結果や臨床記録に至るまで、膨大なデータを生成しています。
我々は、独自データと公開データの双方を活用し、がん生物学・免疫学研究を加速するアルゴリズムの開発を目指しています。多様なデータセットを統合し、新たな生物学的知見を抽出することでこれを実現可能となります。さらにCCII内部で利用可能な高度なHPCサーバーを提供し、データ解析とソフトウェア開発を実施しています。 最後に、CCII内の他グループと連携し、研究目標達成のために生成または必要とするオミクスデータの取得・解析・解釈を支援しています。
主な論文
Cosentino S., Sriswasdi S. & Iwasaki W. (2024). SonicParanoid2: fast, accurate, and comprehensive orthology inference with machine learning and language models. Genome Biology, 25(1), 195.
Cosentino S., & Iwasaki W. (2019). SonicParanoid: fast, accurate and easy orthology inference. Bioinformatics, 35(1), 149–151.
Cosentino S., Voldby Larsen, M., Møller Aarestrup, F., & Lund, O. (2013). PathogenFinder-distinguishing friend from foe using bacterial whole genome sequence data. PloS One, 8(10), e77302.
Larsen M.V., Cosentino S., Rasmussen S., Friis C., Hasman H., Lykke Marvig R., Jelsbak L., Sicheritz-Pontén T., Ussery D., Aarestrup M. F., Lund O. (2012). Multilocus sequence typing of total-genome-sequenced bacteria. Journal of Clinical Microbiology, 50(4), 1355–1361.